2001年2月26日，深陷财政危机的佛罗伦萨主席高里邀请曼奇尼成为球队主帅，自此曼乔开始了自己同样辉煌的执教之路。在执教生涯初期，无论是在紫百合还是在老东家拉齐奥，曼奇尼的球队都遭遇了严重的财政问题，为了让球队不至于破产，俱乐部被迫出售了阵中不少明星球员。尽管如此，曼奇尼却相继率领这两支俱乐部拿下了意大利杯。

2004年夏天，莫拉蒂选中曼奇尼，曼乔第一次踏入意甲豪门怀抱，成为国际米兰主帅。执教的首个赛季，曼奇尼便率领国米再次捧起了意大利杯，2005年国米又拿下了意大利超级杯。2005-2006赛季受“电话门”影响，尤文图斯的意甲冠军头衔被剥夺，国际米兰被授予冠军。随后的2006-2007以及2007-2008赛季，蓝黑军团又在曼奇尼的率领下先后两次蝉联意甲桂冠。不过在欧冠赛场上，国际米兰却始终难以闯进八强，这也成为了曼奇尼下课的导火索。2008年夏天，曼奇尼的帅位被穆里尼奥取代。2009年底，在家中赋闲了一年多的曼奇尼，接受英超土豪新贵曼城的邀请，驾临伊蒂哈德球场。在蓝月军团，获得了充足资金保障的曼乔，可以按照自己的意愿组建心中理想的阵容。在英超执教的三年半时间里，曼奇尼率领曼城相继捧起了足总杯、英超冠军奖杯和慈善盾杯。

2012年夏天，依靠着阿圭罗的绝杀，曼城力压曼联夺得联赛冠军，这也是球队时隔44年重新获得英格兰顶级联赛冠军。曼奇尼的名字，也得以永载蓝月军团史册。不过仅仅1年之后，曼奇尼却在联赛中早早被曼联甩下，欧冠小组赛3平3负出局。而足总杯决赛中，曼城爆冷不敌维冈竞技，足总杯丢冠成为了曼乔下课的导火索。离开了曼城之后，曼奇尼又拿起了加拉塔萨雷教鞭，并率队夺得土耳其杯冠军。不过在2014年夏天，曼奇尼又辞去了这支土超豪门的主帅工作。2014年11月，曼奇尼重掌国际米兰，然而2016年初苏宁集团入主国际米兰之后，曼奇尼公开表示了对苏宁的质疑，这也导致成绩本就不出众的他，在2016年8月再次离开了蓝黑军团。随后，曼奇尼又在2017年夏天成为圣彼得堡泽尼特主帅，但是在俄超赛场，曼乔又未能斩获任何荣誉。2018年5月，面对意大利足协的邀请，曼奇尼毅然选择辞任泽尼特主帅，降薪执掌蓝衣军团。

纵观曼奇尼的执教生涯，可谓是起伏不定。而他在每次离职时，与俱乐部高层的关系都不算融洽。早在执教拉齐奥时期，在莫拉蒂抛来橄榄枝之后，曼奇尼便已经开始与蓝黑军团眉来眼去，甚至邀请阵中猛将斯塔姆一同共赴蓝黑。而在2004年初的冬窗，曼奇尼便将斯坦科维奇放给了国际米兰。待到曼奇尼成为国米新帅后，他又从老东家挖来了法瓦利和米哈伊洛维奇，这一切都深深刺痛了拉齐奥球迷和新任蓝鹰主席洛蒂托。愤怒的洛蒂托向国际米兰和曼奇尼索赔500万欧元，而日后每一次曼奇尼率队回到罗马奥林匹克球场，拉齐奥球迷都会为这位“叛徒”送上嘘声。

4年之后，当曼奇尼和莫拉蒂产生隔阂之时，这一次他的表现又更为滑稽了。在欧冠1/8决赛主场被利物浦淘汰之后，赛后新闻发布会上原本已经回答完记者问题的曼奇尼，突然宣布自己将要辞职：“我想谈一件事情，我这样公开的说，是因为我想避免争吵，这个赛季结束后，我放弃我（另外4年）的合同，我会离开国际米兰和意大利。这是我在国际米兰帅位上的最后2个半月，我希望大家帮个忙，以意甲冠军和意大利杯这样一个美好的方式结束。这个决定和今天晚上的失利没关系，是我已经想好的一个决定。”然而仅仅一天之后，曼奇尼又一次如当年退出国家队那样出尔反尔，表示自己愿意留守米兰城。据意大利媒体透露，是莫拉蒂和国际米兰高层一起展开了一场挽留曼奇尼的运动。最后的结果是，俱乐部将在某些问题上更加支持曼奇尼，才换得后者的留任。然而，惹怒了莫拉蒂的后果绝没有这么简单，老爹依旧与赋闲的穆里尼奥进行秘密会谈，待到赛季结束之后，率队再一次夺得意甲冠军的曼奇尼被莫拉蒂解雇，魔力鸟成为蓝黑军团新任主帅。

2016年夏天，“二进宫”国际米兰的曼奇尼又对刚刚入主球队的大股东苏宁集团开炮。据意大利媒体《罗马体育报》透露，由于在转会市场上没有作为，仅仅免签了巴内加和埃尔金，这引起了曼奇尼的强烈不满。此外曼奇尼当时与国米的合约只剩一年，迟迟未能开始续约谈判，也是曼奇尼愤怒的原因之一。没想到这边曼奇尼想要撂挑子走人，那边苏宁集团也对曼乔的执教能力存在质疑。那年8月，国米宣布将会赔付200万欧元解约金，提前解雇曼奇尼。不过在曼奇尼嘴里，这个故事又变了样：“尽管我收到了苏宁的3年续约合同。国际米兰是一支好队伍，只差一点就能向冠军发起冲击，但在我看来，他们当初应该做出一些选择。是我拒绝了合同，其实那时我本可直接签了合同。”

事实上，除了俱乐部高层，曼奇尼也一直难以处理他与球员之间的关系。执教国际米兰时，阵中萨内蒂领衔的“阿根廷帮”便对曼奇尼没什么好感，而他与菲戈、维埃拉、克雷斯波等人之间的矛盾，也成为了日后他失去对更衣室控制的关键因素。待到来到曼城，曼奇尼与阵中的球星们又闹出了更多啼笑皆非的故事。曼奇尼先是将布里奇、贝拉米、阿德巴约、和吉文等人一同打发去了曼城青年队，随后与特维斯之间的长期战争，更是被英国媒体长篇累牍报道。

2010-2011赛季，曼奇尼经常将球队锋线核心特维斯中途换下，这引起了阿根廷人的强烈不满。在2010年11月与博尔顿的比赛中，担任球队队长的特维斯又被曼乔替换，在场边两人发生了争吵，所幸比赛最终还是以曼城取胜而告终。一个月之后，特维斯向俱乐部提交了转会申请，因为他与主帅曼奇尼产生矛盾，并且非常想念生活在阿根廷的女儿，还好经过高层劝说，特维斯打消了这一想法。2011年夏天，特维斯又以“思乡”为由表示希望可以重返南美，这一次曼城高层终于震怒了。他们不仅仅拒绝了巴甲球队科林蒂安的过低报价，还撤掉了特维斯的队长职务。没有想到在9月底欧冠联赛小组赛对阵拜仁慕尼黑时，已经沦为替补的特维斯，还是和曼奇尼爆发了一场惊天冲突。在比赛中，作客安联球场的曼城0-2落后南大王，曼奇尼希望可以换上“阿根廷野兽”增强攻势，特维斯竟然拒绝上阵。赛后新闻发布会上，恼怒的曼奇尼也将这一事情告诉了在场媒体：“在两球落后的情况下，特维斯告诉我他拒绝替补出场，一名球员在板凳席上拒绝被主教练派遣上阵，这一点我绝不会接受！”

“我当时要求特维斯上场并且帮助球队，或许他对自己没能首发感到失望。但这样的事情会发生在拜仁慕尼黑、AC米兰或者曼联这样的俱乐部吗？我是一名主教练，我可以决定任何事情。当时距离比赛结束还有30多分钟的时间，我们本来可以改变场上的局势。特维斯之所以没能在新赛季获得太多的上场机会，那是因为他没有参加我们的季前训练，各方面都还没有达到最佳状态。”随后，曼城俱乐部宣布对特维斯处以罚款停训的处罚，直到5个月之后，特维斯方才再一次获得出场机会。在2012年5月13日曼城与女王公园巡游者的联赛末轮比赛中，特维斯首发出战帮助蓝月军团完成了神奇逆转，力压曼联捧起英超奖杯。一年之后，曼奇尼被蓝月军团解雇，特维斯也转投意甲豪门尤文图斯，继续自己的职业生涯。

在执教圣彼得堡泽尼特时，曼奇尼又和球队老将、俄罗斯国脚久巴起了冲突。在2018年初，曼奇尼将久巴租借给了俄超弱旅图拉兵工厂。联赛下半阶段，泽尼特与图拉兵工厂遭遇时，根据合同规定，如果久巴登场的话，图拉兵工厂需要额外支付给泽尼特16万欧元。为了在自己的老东家和曼奇尼面前证明自己，久巴决定自己拿出8万欧元，这样一来他就扫清了一切可以阻止他出场的障碍。比赛中，老将久巴兴奋异常，并在比赛第88分钟时候打进了绝平的一球，双方最终也以3-3的比分战平。进球后的久巴跑到了曼奇尼面前尽情的庆祝，而曼奇尼的在场边的表情则是非常尴尬。

如果说曼奇尼与特维斯和久巴的关系是势同水火，那么这位意大利名帅与老乡巴洛特利那便是爱恨交织了。尽管巴洛特利在蓝月军团的表现难言优异，场外花絮远比场上发挥精彩，然而曼奇尼却对这位年轻的小老乡不离不弃，球迷甚至调侃曼乔是巴神的亚父。在国际米兰期间，正是曼奇尼安排巴洛特利在对阵卡利亚里时完成职业生涯处子秀。赛后，曼奇尼是这样夸赞巴神的：“我看着他的停球，他的射门，他盘带时那种令人难以相信的自如，没错，我承认，我在他的身上再度看到了当年的自己。”而在执掌蓝月军团之后，又是曼奇尼执意以2300万英镑的高价引进了这位年轻的意大利小将。在曼城效力期间，巴洛特利留下的精彩瞬间或许只有两次，一次是6-1大胜曼联时那件写着“WHY ALWAYS ME”的卫衣，另一次则是在与女王公园巡游者比赛中助攻阿奎罗打进了曼城队史最重要进球。

不过2012-2013赛季时，曼奇尼和巴洛特利的关系似乎就没有那么融洽了。先是在球队与阿森纳比赛时，闷闷不乐的巴洛特利在赛后被曼奇尼推搡。随后球队迎战桑德兰时，曼奇尼在下半场第56分钟换下了巴洛特利，这一换人激怒了巴神。曼城45号无视曼奇尼直接回到了球队更衣室，几个小时之后便登上了返回意大利的飞机。双方的矛盾，终于在2013年新年之后迎来了彻底的爆发。当地时间1月3日，在白天的训练中，巴洛特利竟然直接与曼奇尼大打出手，两人激烈对峙并且相互推挤，巴洛特利直接抓住了曼奇尼的手，而曼乔则是愤怒的想要推开对方，双方扭打成一团。最终在曼城一众工作人员的劝解下，愤怒之中的巴洛特利和曼奇尼两人被拉了开来。《每日邮报》称，两人冲突的起因在于巴神一次粗野的放铲。不过几天之后的足总杯比赛中，巴神还是入围了球队18人名单，并且在第71分钟替补哲科出场。出场前，曼奇尼特意将巴洛特利叫到身边叮嘱几句，两人有说有笑，神情轻松，冰释前嫌的剧情比大打出手来的还要突然。

2013年夏天，曼奇尼离开了曼城，巴洛特利的职业生涯则是不断走低，他相继辗转于AC米兰、利物浦和尼斯等球队。然而在曼奇尼出任意大利国家队主帅之后，第一期国家队名单中，竟赫然出现了巴洛特利的名字。而时隔4年重返蓝衣军团的后者也不负恩师器重，在曼尼奇执教国家队首秀中用一记精彩世界波作为重逢礼物。然而近两年，巴洛特利仅仅在意甲弱旅布雷西亚和贝卢斯科尼的意乙球队蒙扎混迹，这对师徒恐怕很难再次聚首了。

2018年或许是曼奇尼重获新生的一年。此前，曼奇尼曾与结发妻子费代丽卡经营了一段长达26年的婚姻，并生下了两子一女，但双方最终在2016年离婚。值得一提的是小儿子菲利波-曼奇尼曾随父亲先后在国际米兰和曼城青年队训练，不过可惜的是，他并没有继承父亲在足球方面的天赋。2011年离开博洛尼亚之后，菲利波选择离开足球圈。2018年，空窗两年的曼奇尼先是与自己的私人律师西尔维娅-福蒂尼结婚，随后又在西尔维娅的帮助下，于2018年夏天放弃圣彼得堡泽尼特的600万欧年薪合约，以200万欧的低价合同执教陷入最低谷的意大利国家队，这个选择着实令人意外。

在此之前，意大利足协的第一人选是赋闲的安切洛蒂，然而安帅却拒绝了这副重担。成为意大利国家队主帅后，曼奇尼率领蓝衣军团先是以10战全胜的战绩顺利从欧预赛中突围，杀进欧洲杯正赛。随后在第二届欧洲国家联赛中力压荷兰、波兰和波黑，获得小组头名杀进半决赛。在曼奇尼治下，意大利国家队也完成了更新换代，年轻的多纳鲁马、罗马尼奥利、托纳利和贝洛蒂等人，如今已经成为曼乔手中不可或缺的核心球员。2019年，率领蓝衣军团有功的曼奇尼，先后获得意大利本土最佳教练贝阿尔佐特奖，以及意大利年度体育人物。诚然得罪了不少圈内大佬，然而在国家队危难时刻，能够怀着“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”的情怀回归国家队，还是为曼奇尼重新树立了重情重义的爱国人设。维亚利回归意大利国家队出任领队之后，不善于和球员打交道的曼奇尼又得到了一位得力助手。而维亚利击败癌症的故事，也激励着蓝衣军团的小将们积极进取。曼奇尼这位在国际大赛上几乎毫无建树的“平庸”意大利国脚，或许今夏将成为在欧洲杯赛场上证明自己实力的又一位意大利名帅。

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