2006-2007赛季，回归本菲卡踢球的鲁伊-科斯塔，并未帮助球队太多，因为受伤，缺席了大量的比赛，包括6场欧冠小组赛、3场欧联杯以及16场联赛，整个赛季仅出场19次，这些数据似乎说明了一个问题，那就是他真的老了，不仅竞技状态大幅度下滑，身体机能也在不断下降。正是这个赛季的出场率，让鲁伊-科斯塔开始考虑一个问题，那就是何时选择挂靴，这个想法很快便赤裸裸的成为现实。

2007年8月14日，欧冠附加赛第一回合，本菲卡主场2-0完胜哥本哈根，鲁伊-科斯塔梅开二度，为球队闯进正赛奠定了基础，这也是他在欧冠赛场上最后的进球。刚过完2008年新年，鲁伊-科斯塔做出了一个令葡萄牙足坛失色的决定，他宣布在这个赛季后挂靴。在随后的日子里，鲁伊-科斯塔每一场比赛，球迷都无比珍惜。2018年5月11日，2007-2008赛季葡超联赛最后一轮，本菲卡主场对阵塞图巴尔，超过5.4万名球迷涌进球场，只为在鲁伊-科斯塔的谢幕战送上掌声，开赛仅25分钟，第一个高潮出现，他送出了精准传中球，卡塔索拉尼斯头槌破门，本菲卡主场1-0领先。最终，本菲卡主场3-0大胜，鲁伊-科斯塔第87分钟提前离场，接受球迷的掌声，赛后他洒泪球场，向球迷告别，球场的气氛达到了顶点，无数球迷同样泪流满面。

在赛季结束的第二天，鲁伊-科斯塔几乎没有做任何考虑，便再次接受了本菲卡的邀请，从职业球员，摇身一变成为了俱乐部体育总监，他与主教练奎克-弗洛雷斯一起管理球队。2008年夏天，鲁伊-科斯塔在体育总监的位置上初露锋芒，引进了艾马尔、雷耶斯以及苏亚佐等实力派球星，并获得了外界的一致好评，他渐渐的习惯了新的角色，成为游走于世界足坛各个角落的“球探”。30年前，鲁伊-科斯塔被尤西比奥发掘，而他重走前辈的道路，成为足球总监，为本菲卡发光散热，继续做贡献。

随后几个赛季，鲁伊-科斯塔又为本菲卡带来了萨维奥拉、曾在切尔西和江苏苏宁效力过的拉米雷斯以及哈维-加西亚，这些球员帮助本菲卡实力暴涨，并在2009-2010赛季终结波尔图四连冠，拿到了队史上第32个顶级联赛冠军。虽然鲁伊-科斯塔担任本菲卡体育总监，但相比起职业球员时代，他有了更多的时间陪伴家人，他与妻子鲁特早在1996年效力佛罗伦萨时与结婚，并育有两个儿子——费利佩和雨果。

需要指出的是，尽管鲁伊-科斯塔早已挂靴，但意大利赛场上仍有他的传说，2014年12月，他入选了AC米兰名人堂，尽管他所效力的5年时间里，大部分被卡卡阴影笼罩，但他还是获得了俱乐部和球迷的认可。2016年，佛罗伦萨举办了队史最佳阵容评选，鲁伊-科斯塔与巴蒂斯图塔们成功入围。

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